《命令与征服3》开场，凯恩率领NOD部队击毁了费城空间站，并开始对蓝区发动疯狂的进攻。不过GDI的核心力量并没有完全被削弱，就像前两次泰伯利亚战争一样，GDI的部队最终反败为胜，逼近凯恩所在的NOD神庙。当NOD神庙被摧毁的那一刻，爆发的巨大能量被远在海王星轨道的外星母船所感知，于是Scrin全速向地球奔来，这是一个非常讽刺的事件，正是GDI和NOD的战争，将整个人类的命运推向了毁灭的边缘，由于对自己面对的敌人毫无了解，GDI在Scrin面前不堪一击，大片的蓝区被Scrin所摧毁，当然NOD也无法幸免，NOD神庙被摧毁，凯恩也随着消失，于是基莲将军决定，NOD和GDI再次联手，共同抵抗Scrin。
就像之前介绍的那样，Scrin关心的只是泰伯利亚矿，在开采这些绿色晶体的同时，它们还在各地建起了神秘的高塔建筑。这之后，战争终于出现了重大的转折，GDI发现Scrin的结构类似泰伯利亚晶体，使用音波共振技术就可以消灭它们。于是战场情况逆转，Scrin由不可一世的生物堕落到“地球小强”的境遇，就在此时，凯恩再次出现，不仅枪决了背叛他的基莲，而且性情也发生了一些变化，他在表面维持GDI和NOD联盟，背后试图通过一系列的动作削弱GDI的力量。
凯恩在战争中发现，节节败退的Scrin依然试图保护神秘的高塔，因此凯恩下令，NOD部队必须占领一座，在最后的决战中，Scrin被击败，NOD成功占据了一座高塔，GDI对这座高塔展开了如潮的攻势……在NOD任务的最后，终于出现了无数NOD支持者所期待的一幕，凯恩完成了他个人的升腾，达到了人类进化的最高级，率领NOD的信徒们“升天”，无论GDI的政治领袖是否下台，无论玩家在NOD的任务中进行何种选择，凯恩升腾的一幕都将作为不可改变的事实！《命令与征服3》的剧情还包括很多细节和事件，等待玩家们的探索！现在还等什么？欢迎回来指挥官！
作者：上天启示录